1、净工作台
微生物的培养都是在特定培养基中进行无菌培养，那么无菌培养必然需要净工作台提供一个无菌的工作环境。
2、培养箱
培养箱有多种类型，它的作用在于为微生物的生长提供一个适宜的环境。生化培养箱只能控制温度，可作为一般细菌的平板培养;霉菌培养箱可以控制温度和湿度，可作为霉菌的培养;CO2培养箱适用于厌氧微生物的培养
3、天平
天平用于称量各类试剂。实验室常用的是电子天平，电子天平按照精度不同有不同的级别。
4、微生物均质器
用于从固体样品中提取细菌。用微生物均质器制备微生物检测样本具有样品、无损伤、不升温、不需要处理，不需洗刷器皿等特点，是微生物实验中使用较为方便的仪器。
5、菌落计数器
菌落计数仪可协助操作者计数菌落数量。通过放大，拍照，计数等方式准确的菌落的数量。有些的菌落计数器还可连接电脑完成自动计数的操作。
6、微波炉/电炉
用于溶液的快速加热，微生物固体培养基的加热溶化。
7、高压锅
微生物学所用到的大部分实验物品、试剂、培养基都应严格。锅也有不同大小型号，有些是手动的，有些是全自动的。用户需要根据自己的需要选购。
8、移液器
液体量器用于精密量取各类液体。常见的液体量器有量筒、移液管、微量取液器、刻度试管、烧杯。
9、低温冰箱
冰箱是实验室保存试剂和样品的仪器。微生物学实验中用到的试剂有些要求是4度保存，有些要求是负20度保存，实验人员一定要看清试剂的保存条件，放置在恰当的温度下保存。
10、生物柜
微生物实验中涉及的试剂和样品微生物有些是有毒的，对于操作人员来说伤害较大。为了防止有害悬浮微粒、气溶胶的扩散，可以利用生物柜对操作人员、样品及样品间交叉感染和环境提供保护。
11、摇床
摇床是实验室常用的一种仪器，在微生物实验操作过程中，液体培养基培养细菌时需要在特定温度下振荡使用。
12、纯水装置
纯水器，制造出各精密无杂质、的纯水，
纯水装置包括蒸馏水器和纯水机。蒸馏水器的价格，但在造水过程中需要有人值守;纯水机价格高些，但是使用方便，可以储存一定量的纯水。纯水使用也有不同的级别，实验中配制试剂，配制培养基均需用纯水。一般所有的食品检测都要用的纯水;
13、生物显微镜
由于微生物体积较小，所以在观察时需要借助生物显微镜。生物显微镜用于微生物和微小物品结构，形态等的观察
14、冷冻干燥机燥机
主要适用于细菌、微生物、酵母等的干燥。用于干燥保存易脱水的产品，在加水以后能够再次恢复原材料的特性，不影响其生物活性等。通过冷冻干燥，细菌之类的材料成为干燥状态，从而不会发生化学改变。

15、分光光度计

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